Le musée étant fermé, on est ensuite allé visiter l'église de la Compagnie de Jésus. Il s'agit de la plus vieille église d'Argentine, puisque sa construction débuta en 1640 ! La façade digne d'une forteresse médiévale est garnie de rangée de niches qui font le bonheur des pigeons. Elle serait en fait inachevée, les historiens supposent que les trous autours des portes avaient été prévus pour ajouter une sculpture baroque.
A l'intérieur, une splendide voûte en coque de bateau renversée. Cette forme peu commune s'est imposée par la rareté du bois dans la région et par le fait que l'architecte belge Philippe Lemaire était charpentier de marine de formation. La voûte est construite en cèdre des missions, de même que l'autel. La porte, comme plusieurs éléments, ne sont pas d'origine : au moment de l'expulsion des Jésuites, leurs bâtiments ont été pillés pour décorer d'autres édifices religieux. Les murs, couverts de marbre, le retable, entouré de Saint Ignace de Loyola, Saint François-Xavier et des martyrs de l'Ordre est en or et ivoire. L'épaisseur des murs est de 1,50 mètres pour pouvoir y encastrer les confessionnaux.